In de vele havens en haventjes verricht de havenduiker zijn werk. Dit werk moet gebeuren onder soms extreme omstandigheden. In de havens van Rotterdam zijn dieptes tot 25 meter en stroomsnelheden groter dan 0,5 m/s zijn meer regel dan uitzondering. Volgens de nieuwe duikwetgeving is voor dit soort werk de inzet van een decompressietank dan ook wettelijk voorgeschreven.

De onderwaterwerkzaamheden betreffen reparaties, zoals wisselen inlaten van schepen (zeekasten). Voorkomen is echter beter dan genezen: het tijdig inspecteren en lokaliseren van eventuele schade is dan ook een belangrijke taak van de havenduiker. Bij visuele inspecties wordt gebruik gemaakt van onderwatervideo-apparatuur. In de afgelopen jaren zijn inspecties in opdracht van de classificatiebureaus toegenomen.

De zee- en binnenvaart kent onregelmatige werktijden, en havengelden zijn vaak hoog. 24-uurs servicediensten zijn derhalve noodzakelijk. De duikers worden daarbij bijgestaan door snelle service-wagens en bergingsvaartuigen, die uitgerust zijn met de modernste communicatiemiddelen om het tijdverlies tot een minimum te beperken.

Naast dit vaak spoedeisende werk wordt de havenduiker regelmatig ingezet om, in opdracht van reders en/of verzekeringsmaatschappijen, zoekgeraakte onderdelen (ankers, schroeven of luiken) op te sporen en te bergen, en controleert hij, in opdracht van het havenbedrijf, de boeien voor het afmeren van zeeschepen ten behoeve van de veiligheid in de havens.